Dr. Robotnik és Knuckles kapják meg majd elviekben fő fókuszt, ugyanis a szinopszis szerint amíg Sonicot otthon hagyja Tom és Maddie, hogy elmenjenek nyaralni, addig Robotnik megérkezik Knuckles-szel az oldalán - utóbbi ugyebár a játékokból ismeretes Chaos Emeraldért jön.
Sonic összefog Tails-szel, hogy együttes erővel megtalálják a Chaos Emeraldot, mielőtt még rossz kezekbe kerülne. Igen-igen, ez szinte egy az egyben a Sonic 3 sztorija, azonban mindenképp érdekes tünemény lesz, hogy vajon a filmkészítők csavarnak-e valamit az ott megismert történeten.