A játékosok Mega Mant, Proto Mant, Rush-t vagy Rollt irányítják, miközben különböző szakaszokon keresztül haladnak. Minden játékos két akciókártyát játszik ki a sorában: az egyik közvetlenül a saját karakterét irányítja, a másik pedig bónusz képességeket biztosít a többi játékosnak.
Minden egyes szakaszban különböző akadályokat és ellenségeket kell legyőzni az akciók segítségével - egyes ellenségeket egyetlen akcióval le lehet győzni, míg másokhoz trükkösebb kombinációk sora szükséges.
Minden szint végén egy főellenség található, akinek egyedi támadási sémája van. A legyőzésével a játékosok megkapják annak jellegzetes fegyverét, és egy lépéssel közelebb kerülnek Dr. Wily legyőzéséhez.