A kezdetek:
A céget 1983 szeptemberében alapította Masafumi Miyamoto Jokohamában, miután befejezte tanulmányait a Wasadea egyetemen. Ekkor a cég még Square néven működött, és a Den-Yu-Sha leányvállalata volt. A Den-Yu-Sha Masafumi édesapjának birtokában volt. Ekkoriban a játékokat csak egy programozó készítette, de Masamufi úgy gondolta, hogy a játékok jobbak lesznek, ha vannak külön grafikus degsinesrek, programozók, és történetírók is. A Square első játéka a The Death Trap, és annak folytatása a Will: The Death Trap II lett. Mindkettőt Hironobu Sakaguchi tervezte, aki ekkoriban még csak részmunkaidős alkalmazott volt.
Önállósodás, és a Final Fantasy kor hajnala:
1985-ben jelent meg az első konzolos játékuk, a Thexder NES-re. 1986 szeptemberében a Square kivállt a Den-Yu-Sha-ból, és különálló cég lett Square Co., Ltd néven. Sakaguchi ekkor lett a cég egyik vezetője. Miután több sikertelen játékot is kiadtak NES-re, 1987-ben kiadták a Final Fantasy-t. Ezt az Enix híres Dragon Quest játéka ihlette. A Final Fantasy-ból több mint 400.000 példányt adtak el. A Final Fantasy lett a Square legfőbb franchise-za.
A Square ezenkívül több híres és sikeres játékot is gyártott már: a Chorno Tigger-t, a Chorno Cross-t, a Secret of Mana-t,a Seiken Densetsu 3-at, a Xenogears-t, a Brave Fencer Musashi-t, a Parasite Eve-t, a Parasite Eve 2-t, a Saga Frontier-t, a Romancing Saga-t, a Vagrant Story-t, a Kingdom Hearts-öt és a Super Mario RPG: Legend of the Seven Stars-t.
A Square egy azon cégek közül, akik játékot szerettek volna fejleszteni, és kiadni N64-re, ám az alacsony költségvetések érdekében inkabb PlayStation-ra fejlesztettek. A Final Fantassy VII-ből összesen 9,8 millió darabot adtak el, és ez lett a második legjobban fogyó PlayStation játék.
A Square Enix megszületése:
Az Enix már 2000. óta fontolgatta a Square-rel való egyesülést, ám a Final Fantasy: A Harc Szelleme film bukása után az Enix hezitált, ám később, 2003 április 1.-én a két cég egyesült, így letrehozva a Square Enix-et. Az egyesülés után a Square több vezetője is hasonló pozíciót kapott a cégben. A cég volt elnöke, Jóicsi Wada lett a cég új elnöke. A cégnek a tulajdonában van a Taito Corporation és a Square Enix Europe (amibe beleolvasztották az Eidos Interactive-ot). A Square Enix fogja kiadni az Eidos játékait. Az Eidos leghíresebb játékai a Tomb Raider és Hitman sorozat.