Minden egyes szakaszban különböző akadályokat és ellenségeket kell legyőzni az akciók segítségével – egyes ellenségeket egyetlen akcióval le lehet győzni, míg másokhoz trükkösebb kombinációk sora szükséges.

Minden szint végén egy főellenség található, akinek egyedi támadási sémája van. A legyőzésével a játékosok megkapják annak jellegzetes fegyverét, és egy lépéssel közelebb kerülnek Dr. Wily legyőzéséhez.