Az Alpha Protocol az Obsidian történetének egyik kényes témája, hiszen hiába ölelt fel a játék egy nagyszerű koncepciót a modern, kémkedős témájával, sajnálatos módon azonban a szerepjátékos közönség nem igazán tudott mit kezdeni vele.
Mivel az alkotás hatalmas bukás volt, ezért a rajongók azt hihetnék, hogy nem várhatnak folytatást - mert vannak azért bőven, akiket elkapott a kémkedős RPG hangulata -, de mint a VG247 interjújából kiderült, az Obsidian vezére teljesen mást gondol erről.
Amikor ugyanis a lap arról kérdezte Feargus Urquhartot, hogy melyik lenne az a franchise, amihez rögtön visszatérne, ha lehetősége lenne rá és semmi nem számítana, akkor az Obsidian vezérigazgatója határozottan rávágta, hogy az Alpha Protocol, amelynek folytatásához állítása szerint néhány nagyon jó ötletük gyűlt össze korábban.
