A Quantum Theroy egy poszt-apokaliptikus világban játszódik, amelyben az emberi faj fennmaradása a tét. A TPS főszereplője két zsoldos, akik meg akarják menteni az embereket a teljes kihalástól, közben pedig számos ellenféllel kell megküzdeniük a missziójuk során. A Földön rejtélyes tornyok jelennek meg a semmiből, amelyek misztikus teremtmények adnak szálláshelyet, a legbizarrabb pedig az, hogy maguk a tornyok is élnek. Syd toboroz egy harcosokból álló csapatot és velük indul el, hogy felfedjék a tornyok titkát. Út közben csatlakozik hozzájuk Filena, akinek az apja a felelős az élő-tornyok megjelenéséért. A két zsoldos együtt harcol az idegen hatalom ellen és számos izgalmas kalandban lesz részük az útjuk során.