A játék ezen verziójában a Skull & Bones játékmenet egy hub terület körül forog – hasonlóan a Destiny 2-ből ismert The Towerhez -, amelyet a játékosok felkeresnek, hogy tárgyakat készítsenek, boltokat látogassanak, küldetéseket teljesítsenek, és így tovább. A Sainte-Anne nevű hub „a kalózok tevékenységének központja”, így a játékosok itt szocializálódhatnak (az emotikonok segítségével) és szervezhetik meg a legfeljebb háromfős csapataikat.

A játékosok ezután elindulnak a világba, hogy küldetéseket teljesítsenek a korábban bemutatottakhoz hasonló játékmeneten keresztül: tengeri csaták, amelyek valamivel összetettebbnek tűnnek, mint az Assassin’s Creedben látottak.