Syd és Filena hősiesen küzdenek az emberi faj megmentéséért, a céljuk az, hogy fényt derítsenek az élő-tornyok rejtélyére és megsemmisítsék a sötét hatalmat, csak így menthetik meg a világot a teljes kipusztulástól. A játék során kiderül az is, hogy Filena apja a felelős a tornyok keletkezéséért, a nő pedig mindenáron meg akarja találni őt. A Földön az emberiség nagy része kihalt, a túlélők egy Cocoon nevű városban tengetik mindennapjaikat. A bolygó fő területeit egy Erosion nevű anyag borítja, amelyet az egyik leghatalmasabb élő-torony irányít, Syd feladata az, hogy elpusztítsa ezt a gonosz erőt. A Quantum Theory egy poszt-apokaliptikus világban játszódik, a két főhőssel számos izgalmas kalandot élhetünk át, akik mindent megtesznek, hogy elérjék a céljukat.