A játék egy dungeon-központú akciózás lesz, összesen hat pályán kell átverekednünk magunkat a végső célig, amelyeknek végén egy-egy főellenség sorakozik fel. Az alkotásban hangsúlyos lesz a harc, harmincnál is több ellenféllel kell összemérnünk tudásunkat, de a csipetnyi RPG elemnek köszönhetően különleges képességek és felhasználható tárgyak is megtalálhatók lesznek a The Binding of Isaac-ben, amely kizárólag PC-n lesz elérhető, a tervek szerint csak a Steam rendszerén, valamikor augusztusban.