A játék története úgy kezdődik, hogy Junpei, egy főiskolai hallgató egy aljas összeesküvés áldozata lesz és egyszer csak arra ébred, hogy egy elhagyatott utasszállító komphajó fedélzetén fekszik. A fiú kábult és teljesen meg van zavarodva, hiába próbál visszaemlékezni arra, hogy hogyan került ide, nem emlékszik semmire. Az első dolog, amit észrevesz, az a fényes, piros 5-ös számjegy, amely egy kabin ajtajára van felrajzolva. Ekkor a hallgatónak hirtelen eszébe jut, hogy mi is történt, mielőtt elveszítette az eszméletét és ide került. Egy rejtélyes, gázálarcos alakra emlékezett vissza, aki azt mondta neki: „Játsszunk…a Kilencek játékát…játék életre, vagy halálra…” Az alkotás 9 személyről szól, akik egy hajón rekedtek és a testükbe bombát ültettek. Együtt kell működniük, hogy túléljék ezt a szörnyű helyzetet, különben felrobbannak. A 999: Nine Hours, Nine Persons, Nine Doors arról szól, hogy hogyan viszonyulnak egymáshoz a süllyedő hajó áldozatai, a sorsuk a kezükben van, ha rossz döntést hoz valaki, az a társa életébe fog kerülni.