A játék sztorija szerint a távoli jövőben járunk, mikor a Föld már nem az a kellemes hely, mint manapság, hiszen a bolygón elszaporodtak az Aragamik, egyfajta rémisztő vadállatok, akik csak pusztítást hagynak maguk után.

A fenyegetésnek azonban megvan az ellenszere, méghozzá egy elit hősökből álló csapat, a God Eaterek, akiknek tagjaként mi is csatlakozhatunk az intenzív hack and slash akciókhoz, hogy speciális fegyvereinkkel legyűrjük a gyakran óriásira nőtt lényeket.