A felhasználók számára talán a legüdvözítőbb hírt, hogy a harmadik évad már tartalmazni fogja a sokak által jogosan reklamált küldetésszerkesztőt, a The Foundry béta verzióját, amely segítségével olyan saját missziókat, történeteket készíthetnek, amiket később meg is oszthatnak a világűr felfedezésében érdekelt ismerőseikkel, barátaikkal. Új, izgalmas szektorokkal bővül a produktum által ismert univerzum, amely így lényegesen realisztikusabb összképet nyújt majd a Star Trek Online világáról. További újdonság, hogy a játékosoknak lehetőségük nyílik majd jó néhány Borg technológiai vívmányt felhasználniuk űrhajóik tuningolásánál.