Az Intel K.K. (az Intel Corp, japán egysége) és a NEC az SGI Japan Ltd., céggel, valamint a Rikennel együttműködve fejlesztette azt a rendszert, amelyet mint dedikált gépet a molekulák dinamikus szimulációjához tervezték és a Riken yokomahai intézetében helyezik üzembe A Riken a tervek szerint a „nyitott ház” rendezvény keretében június 24.-én mutatja be az új masinát.

Az MDGrape-3 fed&369; dinamikus molekula szimulátor 201 Riken saját fejlesztésű egységet és két Intel Xeon alapú szerver-fürtöt tartalmaz. A Riken egységek 24 MDGrape-3 lapkát tartalmaznak, amelyek együttes teljesítménye 230 GFLOPS. Ezt a lapkát 2004.-ben fejlesztették, mint mag feldolgozó elemet a szuperszámítógéphez. A lapkákat a partner Hitachi Ltd., gyártotta le a HDL4N 130 nm-es technológiával.

Ezt a rendszert a Riken számítógép fürtje támogatja, amely 65 párhuzamos szerverb&369;szaki támogatást nyújt a processzorokkal. Az SGI Japán az egyes komponenseket egyetlen párhuzamos számítógép rendszerbe kapcsolta össze.

Mivel az MDGrape-3 szuperszámítógépen nem fut a Linpack benchmark, közvetlenül nem hasonlítható össze a többi, TOP 500 listán szereplő számítógéppel, mert ezek teljesítményét Linpack benchmarkokkal mérik.