A történet azonban itt nem ér véget, Dong Nguyen ugyanis váratlanul eltávolított alkotását az App Store kínálatából, amit utólag azzal magyarázott, hogy a játék túl nehéz lett, sok felhasználónak okozva ezzel bosszúságot. Jó hír, hogy egy rajongói kérdésére válaszolva Nguyen elárulta, hogy a Flappy Birds minden bizonnyal visszatér az online üzletek kínálatába, azt azonban nem árulta el, hogy pontosan mikor.