Miközben a kalózok felfedezik a szigetet és az ősi romjait, találkoznak Limmel és Adioval, Waford két lakosával, majd miután véletlenül megfosztja őket az erősségeiktől Lim titokzatos ereje, a csapat egy új, vakmerő utazásra indul. A One Piece Odysseyben klasszikus RPG stílusban, a legénység összes tagját irányíthatjuk és használhatjuk az egyedi képességeiket a felfedezéskor és a harcokban.
A híres kalózainknak felül kell kerekedniük az ellenségeiken a körökre osztott csatákban, mindezt egy csavarral, az ún. Scramble Area Battlevel: ez a rendszer lehetővé teszi, hogy a játékosok különböző harcterületeken mozogjanak, hogy kiválaszthassák a legjobb stratégiát.
Ezeken felül, a Dramatic Scene rendszer a játékosokat véletlenszerű, különleges harchelyzetekbe sodorja, melyek teljesítésével több tapasztalati ponttal jutalmazza őket a játék. Továbbra is ingyenesen elérhető a demó verzió a konzolokra, ahol az első néhány órát lehet végigjátszani, ennek mentése továbbvihető a teljes játékba.