Történetünk Hayabusa faluban folytatódik, miután Ryu Hayabusa Amerikába utazik, hogy megbosszulja apja halálát, ahogyan azt a Nindja Gaiden NES verziójában megismerhettük. Azonban az emberek és a démonok világa közötti határ megszűnik és a faluban megnyílt a sötétség kapuja. Egy új hős, Kenji Mozu, a Hayabusa klán fiatal nindzsája beveti magát, hogy megvédje faluját és népét a fenyegető démonoktól.