A Ninja Gaiden 3 összesen három platformra lett beharangozva, köztük Wii U-ra is, amely szemlátomást kemény diónak bizonyul a Team Ninja csapatának. A stúdió – akik szerint szamárság diszkriminálni a japán játékokat – producere egy interjú keretein belül nyilatkozott a dologról:

„Még él [a Wii U-verzió]” – mondta Peter Garza. – „Nem az egyéb verziókkal párhuzamban készül, de el fogunk készülni vele.”

„Még csak most kezdjük kapizsgálni, mi fán terem a Wii U és hogyan tehetnénk szórakoztatóvá” – folytatta. – „Még az elején vagyunk, de már kezd összeállni a kép.”

A Ninja Gaiden 3 2012 első negyedében jelenik meg.