A játékosok a Templomosokhoz csatlakozó Shay Patrick Cormac-et irányítják, aki az Észak-Atlanti-óceánon hajózik. További helyszíneket is bejelentettek: az Appalache-völgy és az átdolgozott New York. A Ubisoft dizájnere szerint a Rogue a Kenway-trilógia sarokköve lesz, melyben a főszereplő saját mentora ellen fordul és csatlakozik a Templomosok ügyéhez.

Az Assassin’s Creed: Rogue története a hétéves háború alatt játszódik majd, a III. és IV. rész között. Bár a két játék külön kontinenseken játszódik elképzelhető, hogy némely esemény fedje egymást, hiszen ez a háború vezetett Franciaország gazdasági gondjaihoz.