Azt már tudjuk a Gamescom óta, hogy a Ninja Gaiden harmadik részében nem lesznek lefejezések és csonkítások.
Most viszont ennél bővebb információkkal is szolgálhatunk a változásokat illetően. A részletek Yosuke Hasyashi-tól, a Team Ninja főmuftijától származnak. "Néha rossz dolgokat kell tenned, hogy jót tehess." - mondta Hayashi. Ezzel arra célzott, hogy Ryu már számtalan ellenfelet felaprított az eddigi részek során. A legújabb epizódban éppen arra próbálnak rávilágítani, hogy ők sem arctalan rosszfiúk, hanem emberek.
A rosszarcúak emberi módon fognak viselkedni bizonyos helyzetekben, például ha Ryu valamilyen látványos támadással elteszi láb alól a társaikat. Ilyenkor igyekeznek elkúszni a ninja eől, miközben az életükért könyörögnek. Ezért is maradtak ki a brutális kivégzések és vérszökőkutak a harmadik részből, bár vérre azért bőven számíthatunk.
A sztori szerint egy titokzatos alkimista, a Maszk Régense megátkozza főhősünket, minek következtében Ryu karja kell hogy viselje az általa okozott gyilkosságok súlyát. Ezt pontosabban nem fejtették ki, de a sztori szempontjából komoly szerepe lesz. A sztori sokkal fontosabb szerepet kap, a készítők szándéka az, hogy mindenki megismerhesse a történetet. Ennek következménye a kétféle nehézségi fok: a Ninja és a Hero. A Ninja mód az eddigi részeket idézi, komoly kihívásokat kínál, a Hero fokozat viszont szakít a Ninja Gaiden legendás nehézségi fokával és leveszi vállunkról a blokkolás és kitérés terhét (sőt, lehet hogy elhalálozni sem tudunk majd, de ez még kérdéses). A NG 3 tehát a casual gamereket is megcélozza, aminek az eddigi rajongók lehet nem örülnek majd.
