A Konami ugyanis úgy határozott, hogy ebbe a változatba beletesznek egy a játékból kivágott felvonást is, ami az eredeti tervek szerint az 51. epizód lett volna, a Kingdom of the Flies címre hallgat, és a később érkező folytatások megértéséhez nyújt megfelelő alapanyagot, így alaposabban is megismerhetjük belőle Liquid Snake és Big Biss motivációit - legalábbis többek között.
Az extra fejezet egyébiránt teljesen leszinkronizált változatban került rá a gyűjtői kiadásokhoz kapott Blu-ray lemezekre, egyszóval ugyanolyan minőséget garantál, mint a többi felvonás, így nem teljesen érthető, hogy a többi változatból miért is hagyták ki.